故事发生在明星学园的十年黑组之中，那是一个由十二名顶尖暗杀者所组成的神秘班级，这一次，致使她们齐聚一堂的，是一位名叫一之濑晴（金元寿子 配音）的平凡女生，她是这十二个冷酷杀手共同的目标。尽管身为众矢之的，但晴依旧信心满满，她的理想只有一个，那就是活到毕业的那一天。　　东兔角（诹访彩花 配音）是十二名杀手之一，也是资历最老的前辈之一，然而，冷若冰霜的她却被晴的乐观和开朗渐渐吸引，杀心转变成为了爱心，最终，东兔角反而成为了晴的保护着。面对这曾经是同伴的另外十一人，东兔角能否保护晴免遭杀身之祸呢？又是谁要如此大动干戈夺取晴的性命呢？

天上掉下美少女的故事已经落伍了，今次是美少女破土而出！　　高中生御厨仁用古树的木材雕刻了精灵像木雕，本打算以此参加地区展览会。不想搬运中，木雕掉在地上，竟然突然变出一位蓝发美少女！　　这是怎么回事？漫画中美少女出现，住进主角家的荒唐剧情难道要发生在仁身上了吗？正当仁因这突如其来的变化而不知所措之际，少女开口说道：“吾乃产土神也。”　　这位叫做薙的少女自称是神灵显灵，手拿动画片中的魔法棒去消灭“秽”。但是无论怎么看，薙不过是个爱耍大小姐脾气的可爱女孩。　　仁，面对这位破土而出的少女，到底该怎么办？

　面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音），从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……
　　本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。

有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

我们的使命，　　是击退企图破坏作品世界的【病毒】！　　我们要为了守护这个世界而努力！　　曾经号称御宅文化圣地的秋叶原如今也成为了商业街，　　动画和漫画的记忆逐渐被忘却，专卖店也逐渐关闭，变得所剩无几。　　支撑着作品世界的，是存在于人们心中的作品的“回忆”。但每当作品世界被病毒所破坏，作品就会从大家的记忆、回忆当中消除。　　我们的战斗，就是为了守护大家与喜爱的作品之间的“重要回忆”！　　在位于秋叶原一角的小小店铺“兔子小屋本铺”工作的12位女孩子的故事。　　为了打倒病毒、让秋叶原恢复成曾经的愉快街道，我们正在不断努力！